真嗣进入初号机，和母亲灵魂触碰交流发生了奇妙的化学反应，整个人性格出现明显变化并知道了一些奇怪的信息...在物理层面上来说是完全符合两者算法规律的，虽然发生这种事情的概率比较小，嗯，微乎其微...
按照预设进行了一轮快速改造后，灵魂化身碇真嗣的意识重新上线了。
似乎眨眼间沉稳沉默了许多的碇真嗣配合着外面的工作人员进行了几次初号机全面检测，最终却没有找到之前异常的缘由。
在碇源堂的命令下，此事就此揭过。
不过预定的eva运动测试就只能暂时搁置了，研究部门准备让驾驶员退出初号机，停机仔细检查一下初号机的变化。
但就在此时，刺耳的警报声响彻整个基地。
接到沿着紧急渠道传来的消息，nerv的人们不由得一愣——
等了十几年，使徒终于来了。